Mestské múzeum v Malackách bolo založené v roku 1975 z podnetu akademického maliara Michala Tillnera. Na jeho návrh Mestský národný výbor urobil rozsiahlu rekonštrukciu objektu vodného mlyna na Družstevnej ulici. Expozíciu tvorila celoživotná zbierka ľudového i užitého umenia, historických pamiatok a niekoľko obrazov Michala Tillnera, ktorú daroval mestu.
Založením múzea v Malackách malo mesto záujem na zachovaní kultúrnych a historických pamiatok mestského významu i pamiatok viažucich sa k životu a kultúre ľudu v celej oblasti Záhoria. Mestské múzeum Malacky spravovalo Malokarpatské múzeum Pezinok a na tomto vysunutom pracovisku boli zamestnané dve odborné pracovníčky. Múzeum slúžilo návštevníkom až do polovice osemdesiatych rokov, kedy musela byť urobená rekonštrukcia elektriny a kúrenia.
V roku 1993 prechádza múzeum pod správu Záhorského centra kultúry v Malackách. V decembri v roku 1993 bola otvorená nová expozícia. Múzeum nesie názov Múzeum Michala Tillnera v Malackách. Múzeum zameralo svoju činnosť na prevádzku a propagáciu expozície, organizáciu kultúrnych a výchovných podujatí, prednášok, besied, výstavnú činnosť, výskumnú, edičnú a publikačnú činnosť. Prekážkou materiálno-technického rozvoja bol neukončený spor o vlastníctvo objektu.
V roku 2000 na základe reštitúcie bola budova múzea odovzdaná pôvodnému vlastníkovi. Expozícia bola zrušená a muzeálne zbierky boli presťahované do depozitára v budove Záhorského centra kultúry v Malackách.
Zbierkové predmety sú vo väčšine etnografické (keramika, drevené a železné nástroje a nábytok, lampy, hodiny, v menšej miere odev) zastúpené sú aj archiválie a umelecké predmety.
V roku 2005 sa vďaka podpore Mesta Malacky, Ministerstva kultúry SR a ďalších sponzorov začali práce na expozícii v podkroví Mestského centra kultúry na Záhoráckej 1919. Po niekoľkých mesiacoch, 18. februára 2006, bola expozícia, a tým i Múzeum Michala Tillnera, slávnostne otvorené. Zbierkový fond tvorí viac ako 1200 etnografických, historických, umeleckých a archeologických predmetov.