Múzeum Michala Tillnera organizuje každoročne (väčšinou v máji) historický seminár s vybranou tematikou, na ktorý si pozýva odborníkov z oblasti histórie, archeológie, etnológie a príbuzných vied.

Stretnutie s históriou je cyklus prednášok s nepravidelnou periodicitou v priebehu roka. Prednášateľmi sú odborníci z rôznych historických vied a prezentujú poznatky s rôznych historických oblastí, týkajúcich sa Záhoria. Prednášky v písomnej podobe bývajú sústredené v zborníku.

K ďalším činnostiam múzea patria výstavy v expozícii Múzea Michala Tillnera, v kryptách alebo v malackom kaštieli.

Múzeum Michala Tillnera sa každoročne v máji zapája do podujatia Noc múzeí.

Obľúbenou aktivitou sú Historické potulky Malackami. Majú nepravidelnú periodicitu, obvykle päť až šesťkrát v roku